Cada Programa Ibero-americano conta com uma Presidência que constitui o representante máximo do Conselho Intergovernamental. No caso do PID, a responsabilidade da Presidência do Programa é eleita cada dois anos de entre os membros do CIG. Desta forma, a Presidência recai:
Período 2019-2021:
Representante do Equador, Isabel Maldonado.
Período 2021-2023:
Representante da Costa Rica, Lizbeth Barrantes.
Desta maneira, compete à Presidência a convocatória e a direção das reuniões do CIG, a ligação entre este e a Unidade Técnica e a SEGIB e qualquer outra tarefa eventualmente encomendada pelo CIG.
Presidência do PID
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Lizbeth Barrantes
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Presidente
Representante da Costa Rica